La Commissione Italiana di Stratigrafia venne istituita negli anni '60, in conseguenza della designazione del Servizio Geologico d'Italia come organo cartografico dello Stato avente il compito di realizzare le carte geologiche del paese alla scala 1:100.000 (legge 2 febbraio 1960, n. 68). Il Comitato Geologico, costituito per coordinare la realizzazione delle carte e presieduto da Ardito Desio, ritenne indispensabile la costituzione della Commissione Italiana di Stratigrafia per fornire indicazioni e supporto stratigrafico alla cartografia in corso. La Commissione pubblicò il primo Codice Italiano di Nomenclatura Stratigrafica (Azzaroli & Cita, 1968) e curò i primi 6 fascicoli del Catalogo delle Formazioni (1968-1972). Esaurita questa fase di rilevamento e pubblicazione di Fogli geologici 1:100.000 la Commissione Italiana di Stratigrafia cessò la sua attività.
Nel 1988 venne ricostituita la Commissione Italiana di Stratigrafia nell'ambito della Società Geologica Italiana. Il mandato iniziale era il coordinamento delle attività italiane in campo stratigrafico, con particolare riferimento alla definizione delle unità cronostratigrafiche potenzialmente definibili in Italia. La Commissione era costituita da tutti gli italiani presenti nelle sottocommissioni della International Commission on Stratigraphy (
https://stratigraphy.org/).
Dal 1988 agli anni '90 la CIS si occupò di organizzare convegni e workshop, di stimolare le collaborazioni tra specialisti italiani ed il loro inserimento nelle Sottocommissioni e Gruppi di Lavoro della International Commission on Stratigraphy, in modo da valorizzare al massimo le potenzialità delle successioni stratigrafiche presenti in Italia per la definizione di GSSP (Global Boundary Stratotype Section and Point).
Nel corso degli anni '90, le attività della CIS cambiarono completamente, in relazione allo sviluppo di una nuova fase di cartografia geologica nazionale rappresentata dal Progetto CARG (Carta Geologica d'Italia, alla scala 1:50.000). La collaborazione con il Servizio Geologico iniziò nel 1996 e venne formalizzata con un primo Accordo di Programma SGN-CNR per gli anni 1998-2000. Questa collaborazione portò alla pubblicazione della Guida Italiana alla Classificazione e alla Terminologia Stratigrafica (Germani & Angiolini 2003) e di 7 fascicoli del Catalogo delle Formazioni Geologiche (volume 7, serie III, Quaderni del Servizio Geologico d'Italia (2000-2007) .
Nel 2004, in una riunione tenuta a Firenze durante il 32° International Geological Congress, entrano nella Commissione Italiana di Stratigrafia anche la Società Paleontologica Italiana (SPI) e l'Associazione Italiana per lo studio del Quaternario (AIQUA), in aggiunta alla Società Geologica Italiana (SGI) e al Servizio Geologico (allora APAT, ora in ISPRA), con un nuovo Regolamento, approvato il 26 agosto 2004.